2005年12月20日，衛(wèi)生部提出，組建人感實(shí)致病性禽流感及傳染性非典型肺炎防治衛(wèi)生應(yīng)急隊(duì)伍、不明原因疾病衛(wèi)生應(yīng)急隊(duì)伍、重大中毒事件衛(wèi)生應(yīng)急隊(duì)伍、輻射事故衛(wèi)生應(yīng)急隊(duì)伍；已組建的國(guó)家級(jí)救災(zāi)防病醫(yī)療與衛(wèi)生防疫應(yīng)急隊(duì)伍和反恐怖醫(yī)學(xué)救援隊(duì)也將進(jìn)一步完善。國(guó)家級(jí)人感染高致病性禽流感及傳染性非典型肺炎防治衛(wèi)生應(yīng)急隊(duì)伍，將依托中國(guó)疾病預(yù)防控制中心、北京市衛(wèi)生局、廣東省衛(wèi)生廳分別組建人感染高致病性禽流感及傳染性非典型肺炎實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)與流行病學(xué)調(diào)查、醫(yī)療救治應(yīng)急分隊(duì)。不明原因疾病衛(wèi)生應(yīng)急隊(duì)伍將依托中國(guó)疾病預(yù)防控制中心、北京協(xié)和醫(yī)院。
此外，2005年農(nóng)業(yè)部實(shí)施了重大動(dòng)物疫病防控定點(diǎn)聯(lián)系制度，定期到各地檢査防控措施落實(shí)情況，及時(shí)果斷處置突發(fā)疫情，防止疫情擴(kuò)散蔓延。疫情發(fā)生后，農(nóng)業(yè)部立即派出工作組和專家組，開(kāi)展流行病學(xué)調(diào)查，查清疫源指導(dǎo)地方有針對(duì)性地采取隔離、封鎖、撲殺、消毒等防控措施。同時(shí)，做好動(dòng)物防疫監(jiān)督檢查工作，防止疫情擴(kuò)散蔓延。
在禽流感出現(xiàn)后，各地各部門在黨中央和國(guó)務(wù)院的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下，全力以赴地進(jìn)行禽流感的防控工作，構(gòu)筑了“防御大聯(lián)盟”。
在首次出現(xiàn)禽流感疫情的內(nèi)蒙古呼和浩特滕家營(yíng)，呼和浩特市成立了以市長(zhǎng)任總指揮的現(xiàn)場(chǎng)疫情撲滅指揮部，組織力量全力撲滅疫點(diǎn)疫情，并在全市范圍內(nèi)對(duì)禽類進(jìn)行強(qiáng)制免疫。劃定滕家營(yíng)為疫點(diǎn)，周圍3公里內(nèi)為疫區(qū)，5公里范圍內(nèi)為緩沖區(qū)，發(fā)布封鎖令，從10月14日19時(shí)起，疫點(diǎn)疫區(qū)實(shí)行強(qiáng)制封鎖。14日晚連夜對(duì)滕家營(yíng)近萬(wàn)只禽類進(jìn)行全部撲殺，并進(jìn)行無(wú)害化處理；對(duì)膝家營(yíng)的住戶及3公里疫區(qū)內(nèi)養(yǎng)殖圈舍、道路等進(jìn)行全部強(qiáng)制消毒15日晚，又對(duì)3公里疫區(qū)內(nèi)7到8萬(wàn)只禽類進(jìn)行全部撲殺和無(wú)害化處理。
自2005年10月20日起，上海出入境對(duì)禽流感防控進(jìn)入警備狀態(tài)，對(duì)所有海陸空入境通道全面實(shí)施入境人員的鞋底消毒，對(duì)來(lái)自疫區(qū)的肉禽蛋產(chǎn)品一律銷毀。采取了三個(gè)方面的措施：一是嚴(yán)審入境貨物單證；二是登輪檢查疫區(qū)船舶；三是出入境人員須體測(cè)。
從2005年10月21日起，北京開(kāi)始全面監(jiān)測(cè)候鳥(niǎo)遷徙狀況，城郊設(shè)立了57個(gè)候鳥(niǎo)監(jiān)測(cè)點(diǎn)，監(jiān)視越冬候鳥(niǎo)狀況。并配備了專門的設(shè)備，詳細(xì)記錄候鳥(niǎo)的種類、活動(dòng)時(shí)間、地點(diǎn)以及鳥(niǎo)糞情況。一旦發(fā)現(xiàn)變化，將在第一時(shí)間上報(bào)動(dòng)物防疫監(jiān)督機(jī)構(gòu)，而防疫部門則將啟動(dòng)預(yù)案，對(duì)有異樣的候鳥(niǎo)進(jìn)行檢查化驗(yàn)和處理。
在黑龍江，2005年10月25日，省防治高致病性禽流感指揮部發(fā)布緊急通知，要求各地必須立即部署防控工作，切實(shí)落實(shí)免疫、監(jiān)測(cè)、消毒、宣傳、培訓(xùn)和物資儲(chǔ)備等各項(xiàng)防控措施，進(jìn)一步增強(qiáng)防控工作的緊迫感和責(zé)任感從防控疫情大爆發(fā)、大流行出發(fā)，克服麻痹思想和僥幸心理，把防控工作擺上重要議事日程，查找防疫漏洞。
2005年10月25日，江西省緊急出臺(tái)防控高致病性禽流感的7條措施在全省范圍內(nèi)開(kāi)展“集中免疫行動(dòng)”“消毒滅源行動(dòng)”，對(duì)江西全省種禽和水禽實(shí)行強(qiáng)制免疫。同時(shí)，還重點(diǎn)加強(qiáng)對(duì)曾發(fā)疫情地區(qū)、養(yǎng)殖密集區(qū)的監(jiān)測(cè)按照候鳥(niǎo)遷徙途徑，重點(diǎn)加強(qiáng)鄱陽(yáng)湖等大型湖泊周圍以及水庫(kù)、濕地、自然保護(hù)區(qū)周圍以及南昌市等養(yǎng)殖密集地區(qū)的監(jiān)測(cè)。
到2005年11月，河北省建立了7個(gè)野生鳥(niǎo)類禽流感疫情監(jiān)測(cè)點(diǎn)，其中有3個(gè)是國(guó)家級(jí)監(jiān)測(cè)點(diǎn)，分別位于海興濕地、塞罕壩壩上濕地和秦皇島野生動(dòng)物救護(hù)中心，4個(gè)省級(jí)監(jiān)測(cè)點(diǎn)分別設(shè)在白洋淀濕地、昌黎沿海、懷來(lái)官?gòu)d水庫(kù)和衡水湖濕地。